労働基準法においては、法定労働時間が週４０時間以内、１日８時間以内と定められ（労働基準法第３２条）、法定休日については、少なくとも毎週１回の休日を与えなければならないと定められており（同法３５条１項）、使用者が、このような法定労働時間を超える労働や（時間外労働）、法定休日における労働（休日労働）を労働者に行わせた場合には、罰則の対象となります（同法１１９条１号）。
もっとも、法は、時間外労働、休日労働を、事業遂行上の必要がある場合に一定限度で認めることとし、具体的には、使用者が事業場の労働者の過半数で組織する労働組合（このような労働組合がない場合には労働者の過半数を代表する者）と書面による協定を締結し、これを行政官庁に届けた場合には、その協定の定めるところにより労働時間を延長し、または休日に労働させることができるとしており、かかる協定を三六協定といいます。
このような三六協定の締結に当たっては、時間外又は休日の労働をさせる必要のある具体的事由、業務の種類、労働者の数並びに１日及び１日を超える一定の期間についての延長することができる時間又は労働させることができる休日を定めなければならない（労働基準法施行規則１６条１項）ため、事業内容、従業員数、従業員の能力等の事業の実情を考慮し、内容を定める必要があります。
また、三六協定を締結したからといって、時間外労働、休日労働が無制限に許されるものではなく、過度に長時間の時間外労働（労働大臣の定める基準では、例えば１ヶ月に４５時間等、期間ごとに時間外労働の上限時間が決められています。）や、業務上の必要性の認められない休日労働については、違法となりえます。
そのため、三六協定の内容を定める場合や、実際に時間外労働命令又は休日労働命令を行う場合の問題点については、弁護士に相談し、専門的知見からの助言を受けることをお勧めいたします。
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